Năm 1715, Chúa Nguyễn Phúc Chu sai Trấn thủ Nguyễn Phan Long và Ký Lục Phạm Khánh Đức chọn thôn Tân Lại, tổng Phước Vĩnh (nay là phường Bửu Long, thành phố Biên Hòa) để xây dựng Văn miếu Trấn Biên, có vai trò như một trung tâm văn hóa – giáo dục của vùng đất này.

Văn miếu Trấn Biên là văn miếu đầu tiên ở Nam Bộ. Theo thuật phong thủy, nơi xây dựng văn miếu là chỗ đất tốt. Sách Đại Nam Nhất Thống Chí ghi rõ :”phía Nam trông ra sông Phước Giang, phía bắc dựa vào núi Long Sơn, là một cảnh đẹp nhất ở Trấn Biên”. Văn miếu đã trùng tu hai lần vào năm 1794 và 1852.

Hàng năm, vào ngày đinh mùa xuân và mùa thu, đích thân chúa Nguyễn đến Văn miếu Trấn Biên để hành lễ. Sau năm 1802, vua Nguyễn ủy nhiệm cho quan Tổng trấn thành Gia Định, Tổng trấn Biên Hòa và quan Đốc học hàng năm đến đây hành lễ thay nhà vua.

Năm 1861, Văn Miếu bị thực dân Pháp tàn phá hoàn toàn khi đánh chiếm Tỉnh Biên Hòa.

Năm  2002, Văn Miếu Trấn Biên được xây dựng lại trên nền Văn miếu xưa thuộc phường Bửu Long, Thành phố Biên Hòa, cách trung tâm thành phố khoảng 3km, gần Trung tâm Văn hóa Du lịch Bửu Long.  Văn miếu ngày nay là nơi thờ phụng các danh nhân văn hóa Việt Nam và Nam Bộ, bảo tồn và ghi danh các đơn vị, cá nhân có thành tích cao, là nơi thường xuyên diễn ra các hoạt động văn hóa và lễ hội dân tộc.